Juan Ignacio fue detenido en los primeros momentos de la guerra y encarcelado, junto a otros sacerdotes, en el convento de Religiosas de la Divina Pastora, de donde la comunidad había sido ya expulsada. Tenían un libro, Breviario o algún tomo de meditaciones o de lectura espiritual que habían dejado olvidado las religiosas recién expulsadas, y se pasaban el día en la oración y en la lectura. De la cárcel fueron sacados el día 28 de julio, sobre las diez de la mañana, y los mandaron en un camión para conducirlos a la cárcel de Jaén a donde, en efecto, llegaron en la tarde de aquel mismo día. Su paso por los pueblos del tránsito fue un calvario de sufrimientos increíbles.

Formó parte de la expedición del llamado Tren de la muerte de Jaén. Fue asesinado el 12 de agosto en Villaverde, cerca de la estación de Atocha (Madrid).