Juan se encontraba en Constantina, vinculado al colegio Nuestra Señora del Robledo, perteneciente a la Sociedad Anónima de Educación Libre.

En los momentos de la República y la Guerra Civil, la educación católica era considerada como enemiga de los ideales del laicismo exasperado y los que desempeñaban cargos en tal educación eran considerados como enemigos subversivos y personas a controlar y eliminar. Por eso, Juan fue detenido en Constantina y tras una breve prisión, fue asesinado a tiros, igual que su hermano, en el cementerio, junto a la fosa donde fueron enterrados el día tres de agosto de madrugada. 

Los dos hermanos ejercieron el sacramento de la penitencia con los otros presos, después de confesarse ellos mutuamente; rezaban el rosario con todos en alta voz, y animaban a los otros presos continuamente a sufrir con resignación todos los atropellos e insultos.