Manuel nació en Torredonjimeno, y no tenemos datos sobre circunstancias familiares, número de hermanos o situación económica; solo lo que podemos encontrar en los expedientes de órdenes.

En la solicitud de las cuatro órdenes menores y el subdiaconado, el día 25 de abril de 1888, dice que es clérigo tonsurado, y pide se le conceda título de ordenación porque “el exponente es pobre y no tiene congrua sustentación”. En este expediente el Canciller da fe de haber examinado la carta de pago de redención del servicio militar, el 20 de marzo de 1885.

Se adjunta copia de la partida de bautismo por el Cura propio de la Iglesia Mayor de San Pedro en Torredonjimeno y sigue un certificado “de conducta ejemplar en todos los sentidos, frecuencia de sacramentos y asistencia a los actos de culto”.

En las publicatas de las órdenes menores y el subdiaconado, los testigos, el 16 de mayo de 1888, dicen “que los padres y abuelos del interesado son y han sido personas honradas, sin tacha alguna. Que desde su niñez el pretendiente tiene inclinación al estado eclesiástico, pues le ve asistir a la iglesia con frecuencia a todos los actos que se celebran…, que ha vivido y vive arreglado y honesto en su traje, acciones y palabras…, que es persona que merece el aprecio en general por sus buenos antecedentes”.

Para las publicatas del diaconado, en 1889, el Cura Prior Rector de la Sacra Iglesia parroquial de Ntra. Sra. de la Concepción firmó un certificado sobre su feligrés Manuel Serrano Zafra que “desde su niñez ha observado una conducta ejemplar en todos los sentidos…”. Otro de testigo afirma “que le consta que los padres del interesado tienen bienes suficientes y libres para poder formar la congrua que necesita sin que sea simulada ni fingida y sí verídica”. Por lo que parece que la familia ha mejorado su situación económica.