Juan Antonio nació en Canena, hijo de Esteban Martínez, de profesión administrador de consumos, y de Catalina Navarro.

Cuando solicitó la tonsura, órdenes menores y subdiaconado, dijo que tenía 23 años, que era seminarista interno en Jaén y estudiante del 4º año de teología. En tal expediente se añade certificado de buena conducta, que expide el Párroco de Canena el 4 de mayo 1889, donde dice que “observa buena conducta moral y política, distinguiéndose entre la juventud por sus corteses modales, buen trato y honradez y por su asistencia a los actos parroquiales y frecuencia en la recepción en los sacramentos, dando a conocer su verdadera vocación al estado eclesiástico”.

En las publicatas para el diaconado que se remiten a la parroquia de Canena, el Párroco certifica sobre la “muy buena conducta”, asistencia a los actos parroquiales y frecuencia en recibir los sacramentos. El Boletín Oficial del Obispado de Jaén da cuenta de su ordenación presbiteral, celebrada por el Obispo de Jaén, Manuel Mª González, el 31 de mayo de 1890.

Solamente desempeñó el cargo de Ecónomo de la parroquia de Santa Ana y San Amador de Martos, para la que fue nombrado el 2 de marzo de 1891 y en la que cesó el día 30 de septiembre de 1894. Desde entonces, aparece alguna referencia de que sigue como presbítero en tal parroquia; y en 1939, cuando se publica la relación de sacerdotes asesinados en Jaén figura como “sacerdote sin cargo”.