Su defunción fue inscrita al día siguiente ante el Juez municipal suplente y el Secretario suplente, haciendo constar que murió a consecuencia de heridas con destrucción de masa cerebral, según resulta de la autopsia y del reconocimiento practicado.
Nada más iniciarse la contienda, ocurrieron en Arjona las primeras muertes a manos de soldados republicanos. Ante las preguntas de los soldados y la respuesta dada por algún vecino, sacaron a Juan Barat de su casa, lo trasladaron hasta el Paseo Nuevo, donde le dieron muerte, por disparos de arma de fuego, a las 14 horas del 1 de septiembre de 1936.
Serían sobre las 11 de la mañana, cuando un grupo de milicianos cortaron el tránsito de la calle donde vivía; forzaron la puerta, encontraron a Juan rezando el Breviario, y lo maniataron. Una vez en la calle, al ver que el camino que le obligaban a seguir no era el de la cárcel, se hincó de rodillas y con voz apagada dijo: “Aquí mismo”. Le obligaron a culatazos a ponerse de pie y siguió caminando. De nuevo Juan se hincó de rodillas y agarrado a una ventana pidió que lo mataran allí mismo. Otra vez le obligaron a ponerse de pie y seguir.
Nadie sabe lo que le harían sufrir en el poco más de un kilómetro que recorrió. Lo escarnecieron de nuevo y al llegar al final de la calle Duque de la Torre, otra vez se hincó de rodillas, y dijo a sus asesinos: “Si vais a matarme hacedlo aquí mismo”. Otra vez le obligaron a levantarse y le dijeron: “Más adelante”. Así continuaron hasta llegar al final del Paseo Nuevo, y sobre la cuneta de la parte izquierda le dispararon sin compasión, cayendo abatido a balazos.
Algún testigo aseguró que, mientras bajaba la calle, iba haciendo el viacrucis.
Los datos de la detención y muerte fueron confirmados por la declaración de su hermano, en 1941.