Miguel fue detenido el 19 de julio de 1936, siendo conducido a la cárcel de Arjona hasta el día 3 de agosto del mismo año, en que fue trasladado a la prisión provincial de Jaén, en la sección ubicada en la Catedral. 

Habiendo entrado el año 1937, se hicieron gestiones y se consiguió que el Gobierno Civil, un día antes de su muerte, decretara su libertad. Pero ésta no llegó a tener lugar. Como consecuencia del bombardeo nacionalista a Jaén, en la noche del 3 de abril de 1937, se le sacó sin formalidades legales de la prisión y junto con otros treinta y cuatro detenidos más se le llevó a las tapias del cementerio de Mancha Real, donde fue fusilado. Su cadáver fue a parar a una fosa común. Exhumado años más tarde, pasó a la cripta de la Catedral, donde reposa inscrito con el número 87.