La detención de Tomás se produjo en los primeros días de la guerra, junto a los otros sacerdotes de Beas de Segura. Con ellos fue encarcelado en el convento de Religiosas de la Divina Pastora. De esa cárcel fueron sacados el día 28 de julio, sobre las diez de la mañana, y para ser conducidos en un camión a la cárcel de Jaén, que se había instalado en la Catedral. Durante su cautiverio recibió toda clase de insultos y agresiones.

Un testigo afirma que en todo momento daba señales de estar contento. Su rostro irradiaba alegría hasta el punto de llamar la atención de sus compañeros, a los que les decía: “Estoy contento porque voy en carrera vertiginosa al Cielo; ya no hay quien pueda impedírmelo”.

Fue incluido en la saca de la noche del 11 de agosto en el tren de la muerte camino de Madrid y murió junto con el beato Obispo Basulto y sus compañeros sacerdotes de Beas de Segura en las inmediaciones de la estación de ferrocarril de Atocha, el día 12 de agosto de 1936.