Nos han quedado testimonios de que, en las primeras semanas de la Guerra Civil, torturaron y quemaron vivo a Juan, a plena luz del día. Unos meses antes de ese hecho, habían robado en la ermita, siendo detenida una persona a la que propinaron duras palizas para que declarara, pero siempre insistió en su inocencia. Según parece, este hombre juró venganza por el trato recibido y, entre la gente del pueblo, se daba por hecho que él fue quien mató a Juan.

A pesar de ser avisado para que abandonara el santuario, él no vio el peligro. Un día, sobre mediodía, llegaron cuatro o cinco hombres con la cara tapada al santuario, y en la puerta preguntaron por don Juan; éste salió a la puerta y no tuvo tiempo de nada. Los hombres encapuchados se abalanzaron sobre él y comenzaron a torturarlo con los palos y cuchillos que llevaban consigo. Parece ser que del primer golpe en la cabeza le arrancaron una de las orejas. Lo subieron hacia la alberca que hay en la ermita y durante el camino le fueron propinando patadas y golpes. Llegados a la alberca la tortura siguió; se cuenta que le cortaron los testículos y se los metieron en la boca. Después lo rociaron con gasóleo y lo quemaron vivo.

Un matrimonio que vivía en un pequeño cortijo, más arriba de la alberca, presenció todo lo sucedido y luego lo contaba con verdadero pánico y horror.