La muerte de Alfonso fue inscrita en el Registro Civil de Albanchez de Mágina y se dice que fue “a las puertas del Cementerio de esta Villa, el día 11 de septiembre de 1936… a consecuencia de asesinado…”.

Antonio Cuadros, Párroco de Albanchez en 1942, cuenta una y otra vez con todo detalle la prisión de Alfonso, sin olvidar en la narración el precioso cuidado del mártir por la eucaristía en aquellos momentos de persecución.

Se dice que una noche el sacerdote se vio sorprendido por un anónimo en el que se le amenazaba de muerte si no abandonaba el pueblo inmediatamente. La misma amenaza apareció escrita con letras rojas en la fachada de la casa rectoral. Al no encontrar autoridad que garantizara su estancia en el pueblo, marchó a Villanueva del Arzobispo; pero pasada aparentemente la efervescencia del primer momento, regresó al pueblo al mes y medio, a requerimiento del Obispo.

Poco tiempo después, recibía un oficio de la Alcaldía prohibiéndole todo acto religioso público, limitándose al culto en el interior del templo.

El 22 de julio de 1936 fue encarcelado, y puesto en libertad dos días después. El 4 de agosto fue nuevamente encarcelado en unión de otras personas. El 6 de agosto, fue profanada, saqueada y quemada la iglesia parroquial, así como todos sus ornamentos. El 11 de septiembre de 1936 a la una de la madrugada, llamaron a las puertas de la cárcel, y requirieron a Alfonso que saliera. Los asesinos arrastraron al buen sacerdote por entre las olivas y lo llevaron a las puertas del cementerio. Casi dos horas duró su martirio, y a las tres de la mañana dos individuos dispararon sus escopetas a bocajarro en el vientre y rostro.